Ücretli e-ticaret sistemleri, yazılımının profesyonel firmalarca ücret karşılığı geliştirildiği sistemlerdir. Bu sistemlerin bazı avantajları da tabii ki olmaktadır. Bu avantajların başında da güvenliğin daha fazla olması gelmektedir. Çünkü bu yazılımları profesyonel firmalar yaptığından hacker’lar kodlara kolaylıkla ulaşamadığı gibi güvenlik açıklarını da kolayca bulamamaktadırlar. Diğer yandan yine web sitesinin yönetimi bu firmalarca yapıldığından bu anlamda sorun yaşamanız ve bankaların POS sistemlerinde yapılan değişikliklerden etkilenmeniz muhtemel değildir. Üstelik e-ticaret siteniz hakkında her türlü destek de elde edilmektedir.
Yine ücretli e-ticaret sistemlerinde program güncelleme ve program özelleştirme işlemleri de profesyonel firmalarca yapılmakta ve site sahibinin bu konuda da içinin rahat olması sağlanmaktadır. Oldukça avantajlı olan ücretli sistemler özellikle e-ticaret hakkında hiçbir bilgisi olmayanlar için idealdir.